希腊化时代亚历山大里亚的学者在校注希罗多德的《历史》时将其分为9卷，每卷各冠一位缪斯女神的名字，故此书又有“缪斯书”之称。关于《历史》的内容结构及各卷成书之先后，尚存在较大的争议[10]。一般认为，全书大致可分为两大部分，第一部分包括第1卷至第5卷27章，基本是按照波斯帝国发展的年代顺序写成的，叙述了波斯帝国的兴起和扩张经过，直至伊奥尼亚人发动叛乱，引发公元前490年大流士对希腊的进攻。自第5卷28章至第9卷，是全书的第二部分。从叙述伊奥尼亚人的起义开始，较为严格地按照时间顺序记述了希波战争的经过，直至公元前479年希腊人取得普拉提亚和米卡列战役的胜利、波斯人退出爱琴海地区为止。第一部分与交代希波战争的历史背景有关联，但结构松散，内容庞杂，中间夹杂了大量与主题无关的插话，还包括一些奇异荒诞的异闻传说，体现出浓厚的地理学和人种志的色彩。第二部分虽然也包含了一些插话，但并没有对主题内容构成较大影响。希罗多德对希波战争进行了较完整而系统的叙述，其内容主要集中在军政大事方面，地理学和人种志的色彩已经褪色了。一般认为，全书前后两大部分迥然有别，实际上反映了希罗多德从散文纪事家至历史学家的转变。