章太炎和梁启超也是书信不断，梁启超在日本创办《新民丛报》，章太炎表示支持，还把新撰诗文寄去发表[13]，又录《艾如张》诗以赠，题为《泰风一首寄赠卓如》，可知眷念甚挚。
不但如此，章太炎对外界攻击康、梁的言辞，还力为辩解。当康有为把光绪皇帝在政变前夕发出的“密诏”公布后，流言甚多，有人认为康有为宣泄宫禁之事，不是“人臣之分”，侵犯了封建秩序。章太炎撰《答学究》以驳：“今祸患之端，始于宫邻，卒于金虎掖庭之上，而罪人在焉，讨之犹可，况数其罪乎？”“数其忮恶，斥其淫昏，人臣之分也，虽邻国闻之，亦以为人臣之分也，夫何经常之论之可执乎？”他认为康有为“内不容于谗构，奉身而出，语稍卓诡，而见诋于俗儒乡愿”，是“志节才行之士”，驳斥了诽谤康有为的“学究”[14]。
或者认为，章太炎和康有为，一个治古文经学，一个治今文经学，治学途径不同。他和康门诸子在《时务报》共事，曾经有过争论，自称“论及学派，辄如冰炭”[15]，又怎会变法时同情康、梁？政变后仍“相昵之深”呢？这在当时就有一些人这样议论，章太炎回答得却很干脆。他举南宋的叶适、朱熹为例，说：“子不见夫水心、晦庵之事乎？彼其陈说经义，判若冰炭。及人以伪学朋党攻晦庵时，水心在朝，乃痛言小人诬罔，以斥其谬。何者？论学虽殊，而行谊政术自合也。余于工部，亦若是已矣。”“论学”，指古、今文经说不同；“行谊政术”，指维新改革、变法图强，与康、梁一致。他进一步说明，自己和康、梁“论学”之殊，在于“《左氏》《公羊》门户师法之间”，亦即囿于学术上今、古学的异同；至于“黜周王鲁，改制革命”亦即政治方面，却“未尝少异”，最后指出“学无所谓异同，徒有邪正枉直”[16]。他是主要从政治上着眼，在挽救民族危亡、力图变法自强上和康、梁基本一致，所谓“行谊政术自合”指此。直到章太炎从日本返国后，看到《翼教丛编》谩骂康、梁，淆乱视听，章太炎又予申说：“说经之是非，与其行事，固不必同。”指斥叶德辉、苏舆等“经术文奸之士，借攻击廖士以攻击政党者”，是“埳井之鼋”，“处心果何如耶？”[17]对康、梁仍表同情。