公元前330年，另一位帝王亚历山大远征波斯之前，也曾在这里拜祈过女神雅典娜。但是到了罗马执政官尤利乌斯·恺撒来凭吊他的祖先埃涅阿斯的出生地的时候，这里已经全然没有了往日的繁荣，而是被满目荒芜所取代。
直至罗马帝国时代，一座新城才又在这里崛起，但它在经历了几百年的繁华后，又毁于地震。从此，特洛伊逐渐从人们的记忆中淡去了。后来，人们甚至怀疑这个城市是否在地球上存在过。
当年谢里曼的发现也是让人半信半疑，如今一个多世纪过去了，通过考古工作者的艰苦挖掘，特洛伊城已将它的全貌展现于世人面前。人们在30米深的地下发掘出了各个不同时期的特洛伊古城遗址，分属9个不同的历史时期。这充分证明特洛伊文化是真实的，而且历史悠久。在这里，公元400年左右罗马帝国时代的古城遗址仍在向人们展示着当年雅典娜神庙的雄伟气势。
科学鉴定证明，公元前1300?前900年间的特洛伊古城遗址是被彻底烧毁的，这有力地证明了《荷马史诗》对历史的描述是真实无误的。人们在这里可以看到厚达5米的残败石墙，里面还发现了大量的彩陶和其他生活用品，它们大多绘有简单的几何图形，造型朴素。