《蒙古秘史》记事起于成吉思汗第二十二代远祖，迄于窝阔台十二年，约500年的史事。全书在内容安排上大致是：卷一，主要记蒙古族的起源和成吉思汗家族世系及有关蒙古族的社会情况；卷二至卷十一，主要记成吉思汗的活动、功业；卷十二，记窝阔台事迹。突出记述成吉思汗的一生及其业绩，这是本书的一个鲜明特点。它在史学上的价值是：
第一，它全面反映了13世纪中叶以前蒙古族的历史进程以及与此相关的北方民族关系的变化。从今天的认识来看，它通过写成吉思汗家族的繁衍，写出了蒙古族的发展、强大，蒙古族社会的婚姻关系、财产关系、阶级关系，以及军事征服活动和军事、政治制度的建立。如卷一写孛端察儿兄弟5人掳掠统格黎克溪一带的“无大小、贵贱、首尾，皆等耳”的“百姓”，于是，“至此有马群、家资、隶民、奴婢而居焉”[1]。卷二、卷三写成吉思汗娶妻，颇带传奇色彩；写他被三篾乞惕围追，历尽曲折、磨难而终于脱险，处处扣人心弦；直到他被立为“罕”，其处境才转危为安。这时期，成吉思汗家族的活动都在斡难河流域一带展开。卷四以后，写成吉思汗的一系列军事征服活动，而以写征服乃蛮部最有声色。其间，还交织着写出了成吉思汗与札木合合作的形成和破裂。这是蒙古族历史在北方广袤的大地上迅速向前发展的时期。其中，卷八写到了1206年“斡难河源”的大会，“建九斿之白纛，奉成吉思合罕以罕号”，“整饬蒙古之百姓”，建置“蒙古国之千户官，凡九十五千户官”，并对功劳卓著者论功嘉奖。卷九、卷十写到了建立和完善有关军事、政治制度。卷十一、卷十二（即续集卷一、卷二）写成吉思汗、窝阔台的大规模军事征服活动，以及窝阔台自己的军事、政治活动的总结，即所谓“继父合罕之后，益四事焉，作四过焉”。“益四事”，是其认为有功之事；“作四过”，是其自省四大过错。这显示了窝阔台终不失政治家风度。总的来说，这是元皇朝建立以前，关于蒙古族历史进程的最翔实的历史著作。