1524—1526年，在宗教改革运动的影响下，普通人革命席卷帝国南部和中部大部分地区，沉重打击了现行的政治和社会制度。因为不在帝国，卡尔五世没有直接参与镇压起义行动。帝国执政府无军队，也无钱招募雇佣军，不得不借重于士瓦本同盟和各地诸侯的力量。而在镇压了普通人革命之后，诸侯集团内部又发生了两极分化，大多数诸侯依然坚持天主教信仰，部分诸侯却改宗了福音教，并成为宗教改革的主要支柱。福音教诸侯力图通过宗教改革扩大自己的宗教政治势力。天主教诸侯虽未改变信仰，却也开始驱逐罗马教皇势力，控制本邦教会财政税收和行政管理。诸侯总体实力加强，帝国分裂割据日益加剧。
神圣罗马帝国皇帝与帝国等级之间、诸侯与诸侯之间的政治斗争因为宗教改革而变得异常复杂和激烈。为了对抗天主教保守势力，福音教诸侯不仅在帝国等级会议上联合支持宗教改革的城市提出抗议，而且还缔结保护性军事同盟，力图通过武力捍卫和扩大宗教改革成果。而长年不断的外战争，又迫使卡尔五世多次改变政策，基本停止了《沃姆斯敕令》的实施，这就使得抗议宗摆脱了帝国法律限制，获得了更大发展空间。与此同时，路德、茨温利等宗教改革家也在帝国各地开展了福音教会的组建工作，为福音教的传播奠定组织基础。但在福音教阵营内部，路德与茨温利有关圣餐礼教义的争论，又严重阻碍了福音教徒大联合的形成，限制了福音教集团总体势力的发展壮大。